José Kalinowski, nasce em Vilna (Lituânia) a 1 de setembro de 1835, filho de André Kalinowski e Josefina Polonska, nobres católicos.
Estuda na academia militar de São Petersburgo, com bons resultados, mas devido à insurreição do seu país diante da ocupação russa, decide deixar o exército e apesar de saber que o êxito da insurreição é impossível, decide ajudar os seus compatriotas, aceita o cargo de ministro de guerra e evita no possível o maior derramamento de sangue.
Em março de 1864 é preso e condenado à pena capital, que é comutada por 10 anos de trabalhos forçados na Sibéria. Com um crucifixo e a Imitação de Cristo, vai para a Sibéria e após 9 meses de uma dura viagem, chega com os sobreviventes ao lago Bajkal.
Naquelas circunstâncias especialmente duras, demonstrou uma grande caridade, suportando os sofrimentos, partilhando com os outros o que tinha, e o que recebia dos seus familiares: «Escrevo-o claramente, a miséria aqui é grande; encontrar dinheiro na pátria é sempre mais fácil que na Sibéria. É-me inconcebível ser indiferente».
A 2 de fevereiro de 1874 concedem-lhe a liberdade, mas não pode voltar a viver na Lituânia. Aceitou então o cargo de tutor de Augusto Czartoryski, de 16 anos, que vivia a maior parte do tempo em Paris.
A 15 de julho de 1877, entra no convento carmelita de Grantz, com o nome de Rafael de São José. Pronuncia os seus primeiros votos a 26 de novembro de 1878 e parte para a Hungria para estudar filosofia e teologia no convento de Raab. A 27 de novembro de 1881, pronuncia os seus votos perpétuos e é enviado a Polônia ao convento de Czerna onde é ordenado sacerdote a 15 de janeiro de 1882. Um ano depois deram-lhe responsabilidades de governo.
Reorganiza a Ordem na Polônia e a ordem secular. Publica algumas biografias. Em 1906, toma a direção do colégio de teologia em Wadowice. É apreciado por todos como diretor espiritual e confessor. Dedica-se com especial interesse ao cuidado das suas irmãs carmelitas descalças.
Morre a 15 de novembro de 1907 em Wadowice. Foi beatificado em Cracóvia a 22 de junho de 1983 pelo Papa João Paulo II e canonizado em Roma a 17 de novembro de 1991. A sua festa foi instituída a 19 de novembro.
Na sua vida, destacam de forma especial o espírito de caridade e o espírito de reconciliação, bem como a dedicação à formação, especialmente dos jovens.
Ensina a ter coragem de perseverar na fé e de confiar nas dificuldades; também ensina que somente à luz da reconciliação proveniente de Deus se pode avançar para o encontro com o homem e para o perdão. Ensina ainda que para poder perdoar, é preciso saber-se perdoado.
Tinha um carácter aberto, cheio de cordialidade. Da sua permanência na Sibéria, regressou convencido da necessidade de dedicar-se à juventude, porque nesta etapa da vida, a aprendizagem configura a pessoa e se decide o futuro. Procurava uma formação integral do ser humano; motivava-o um interesse espiritual e intelectual.
A sua vida foi iluminada pelo evangelho e pela pessoa de Jesus.
É invocado como patrono de siberianos, educadores, ferroviários, engenheiros e jovens.